Die BBT SE wendet das dualistische System der Geschäftsführung an. Zwei Vorstände führen die Geschäfte, wobei einer seinen Sitz in Österreich und einer seinen Sitz in Italien hat.
Der Aufsichtsrat überwacht die Tätigkeiten des Vorstands und der Gesellschaft.

Vorstand

Dipl.-Ing. Martin Gradnitzer

Dipl.-Ing. Martin Gradnitzer

ist seit 18. September 2019 auf Nominierung Österreichs Vorstand der BBT SE.
Dott. Ing. Gilberto Cardola

Dott. Ing. Gilberto Cardola

bekleidet auf Nominierung Italiens seit 18. September 2019  das Vorstandsamt der Europäischen Aktiengesellschaft BBT SE.

Mitglieder des Aufsichtsrats

Österreich

Bundesministerium für Klimaschutz, Umwelt, Energie, Mobilität, Innovation und Technologie (BMK)
Generalsekretär Dipl.-Ing. Herbert Kasser (seit 28.07.2004)
Stellvertreter des Vorsitzenden des Aufsichtsrates

ÖBB Infrastruktur AG
Dipl.-Ing. Franz Bauer (seit 22.04.2014)

ÖBB Infrastruktur AG
Mag. Karin Tausz (seit 11.05.2020)

Land Tirol
Mag. phil. Simon Lochmann (seit 11.09.2020)

VVT Verkehrsverbund Tirol GesmbH
Ing.in Mag.a Alexandra Medwedeff (seit 11.05.2020)

Bundesministerium für Klimaschutz, Umwelt, Energie, Mobilität, Innovation und Technologie (BMK)
Mag. Roland Schuster, MBA (seit 21.10.2014)

Italien

FS S.p.A.
Prof. Lamberto Cardia (seit 8.11.2010)
Vorsitzender des Aufsichtsrates

RFI S.p.A.

Dott. Ing. Maurizio Gentile (seit 21.07.2016)

RFI S.p.A.
Dott. Ing. Paola Firmi (seit 30.04.2019)

Provinz Bozen
Dott. Martin Ausserdorfer (seit 25.11.2013)

Provinz Trient
Dott. Ing. Raffaele De Col (seit 30.04.2019)

Provinz Verona
Dott. Ing. Marco Zandomeneghi (seit 30.04.2019)