Der respektvolle Umgang mit natürlichen Ressourcen bildet die Basis von Planung und Bau des Brenner Basistunnels. Österreich und Italien haben die Umweltverträglichkeit des Projektes unabhängig voneinander und auf Grundlage der jeweils geltenden Gesetze geprüft.

Die BBT-Gesellschaft versucht, Eingriffe in die Natur und die Auswirkungen auf die Umwelt so gering wie möglich zu halten. So sind und werden die Tunnelportale behutsam in die Landschaft eingebettet und Deponien in der Nähe der seitlichen Zufahrtstunnels angesiedelt. In den Nahbereichen der Baustellen wurden neue Nist- und Futterplätze für Tiere angelegt, sollten sich diese durch die Arbeiten beeinträchtigt fühlen. In sensiblen Landschaftsteilen überwacht eine eigens eingerichtete ökologische Bauaufsicht die Auswirkungen des Baugeschehens auf Umwelt und Natur.

Bereits lange vor Baubeginn hat die BBT SE angefangen, relevante Daten zu Fauna und Flora, Land- und Forstwirtschaft, Luft und Lärm sowie Wasser entlang des Brennerkorridors zu erheben. Diese detaillierte Dokumentation hilft, etwaige Veränderungen während des Baus und danach zu erkennen und gegebenenfalls zu kompensieren. Gezielte Ausgleichsmaßnahmen werden in Abstimmung mit Fachbehörden und Gemeinden durchgeführt. Nach dem Bau werden die vorübergehend beanspruchten Flächen rekultiviert.

Im Projektgebiet nördlich des Brenners wurde eine Ombudsfrau bestellt, die in allen Belangen im Bereich Natur und Umwelt die Ansprechperson ist. Im Projektgebiet südlich des Brenners wurde eine Umweltbeobachtungsstelle eingerichtet. Dort werden alle umweltrelevanten Daten erfasst und gegebenenfalls Maßnahmen zur Einhaltung der von den Behörden festgelegten Grenzwerte beschlossen.